Orhun yazıtlarında adı geçen kadim bir Türk boyu olan Uygur Türkleri,  İkinci Göktürk Kağanlığı’nın yıkılmasının ardından kutsal Ötüken  ormanını ele geçirerek Uygur Kağanlığını ilan ettiler. Yaklaşık iki  yüzyıl boyunca Orta Asya’da hüküm süren Uygurlar kendilerine has bir  alfabe geliştirdiler. Mani dinini benimseyerek yerleşik hayata geçen  Uygur Türkleri tarihin en parlak medeniyetlerinden birini kurdular.  Günümüz Moğolistan toprakları ile tüm Türkistan coğrafyasını fetheden  Uygur Kağanlığı, M.S 9. yüzyılda Kırgız akınları ile parçalandı. Ancak  Uygur dili ve kültürü tüm Orta Asya’da 14. yüzyılın başlarına kadar  baskın kültür olmaya devam etmiştir. Bunun en önemli nedeni Cengiz  Han’ın Uygur alfabesini ve dilini resmi kurumlarda kullanması ve devlet  yönetiminde Uygur bilgelerinden faydalanmasıdır.

Sırasıyla  Karahanlı, Karahitay ve Cengiz Han hakimiyetinde yaşayan Uygurlar, M.S  9. yüzyıldan başlayarak aşiretler halinde İslamiyeti benimsediler.  Çağatay Hanlığı idaresinde devlet yönetiminde söz sahibi olan Uygur  Türkleri daha sonra Timur İmparatorluğu içerisinde etkinliklerini  sürdürmüşlerdir. Timur İmparatorluğunun dağılmasının ardından  Türkistan’ın doğusunda yaşayan Uygur Türkleri çeşitli hanlıklar kurarak  bölgede egemenliklerini sürdürdüler.

Kaşgarlı Mahmut, İmam  Tırmızi, İmam Buhari, İbni Sina gibi ünlü bilim adamlarının yetiştiği  Doğu Türkistan, 18. yüzyıldaki Çin-Mançu istilasına kadar önemli bir  ticaret ve kültür merkeziydi. Çin-Mançu hakimiyeti 1863 yılında Yakup  Bey’in isyanına kadar devam etti. 1963 yılında ise Yakup Bey Doğu  Türkistan’da Türk Devletini yeniden kurarak, dönemin Osmanlı sultanı  Abdülaziz Han adına hutbe okuttu. Böylece Doğu Türkistan Türkleri fiilen  olmasa da resmiyette Osmanlı İmparatorluğu’na bağlandılar. Türk  devletinin ömrü uzun sürmedi Yakup Bey’in ölümü üzerine Çin yeni bir  istila başlattı. 1877 yılında başlayan istila ancak 1884’de tamamlana  bildi. Ancak bu tarihten sonra da Doğu Türkistan Türklerinin mücadelesi  bitmedi. 1931 yılında başlayan isyan neticesinde 1932 yılında Doğu  Türkistan İslam Devleti ilan edildi. Hoca Niyaz devlet başkanı oldu. Çin  Doğu Türkistan İslam Devleti’ni ortadan kaldırdıysa da 1944 yılında  yeni bir isyanla Çin egemenliği bir kez daha alt edildi. Altay Kartalı  Osman Batur Bey’in başında bulunduğu bağımsızlık mücadelesi sonucunda  Doğu Türkistan Cumhuriyeti kuruldu. Sovyetler Birliği Doğu Türkistan  Cumhuriyeti’nin varlığını kendisi için bir tehdit olarak algılamış,  böyle bir devletin Batı Türkistan’daki Türklere bağımsızlık yolunda bir  örnek teşkil edeceğini düşünmüştür. 1946 yılında Sovyet hükümetinin  yardımlarıyla Çin ordusu Doğu Türkistan’ı yeniden işgal etmiştir. Altay  Kartalı Osman Batur ise Türklere ibret vermek için halkın gözü önünde  katledilmiştir.

Yaşanan olaylar Doğu Türkistan Türklerinin  bağımsızlık umudunu köreltmemiş aksine güçlendirmiştir. 1946’dan  günümüze irili ufaklı yüze yakın isyan baş göstermiştir. Çin hükümeti  ise her seferinde Doğu Türkistan’a yönelik daha sert tedbirler almıştır.  1995 yılına kadar Çin için Doğu Türkistan bir sömürge olarak  görülmekteydi. Bölgeye pek bir yatırım yapılmamış sadece ham madde ve  yer altı kaynaklarından faydalanılmıştır. 1995 yılından sonra ise Çin  Doğu Türkistan’a bakışını değiştirmiş ve Han Çinlilerinin bölgeye göç  etmesini teşvik etmiştir. Çin hükümeti aşırı nüfusun getirdiği sorunları  çözmek adına Doğu Türkistan’ı Çinli işgaline açmıştır. Yapılan kitlesel  göçlerle bölgenin demografisi hızla değişmiş ve özellikle Urumçi gibi  sanayi bölgelrinde Türkler azınlık haline gelmişlerdir.

Çin,  1995 yılından bu yana Doğu Türkistanlılara dünyanın gözleri önünde  soykırım yapmaktadır. Toplu idamlarla kadın, çocuk ve yaşlılarda dâhil  olmak üzere yüzlerce insan bir anda katledilmekte ve toplu mezarlara  gömülmektedirler. Uygulanan nüfus politikası dahilinde her sene binlerce  Uygur kadını kürtaja zorlanmaktadır. Türk nüfusu her geçen gün  azalırken Çinliler pek çok şehirde yeni göçmenlerle sayısal üstünlüğü  sağlamışlardır. Günümüzde nüfusu 21 milyon olan Doğu Türkistan’ın %41’i  Uygur %7’si Kazak olmak üzere %47’si Türklerden oluşmaktadır. Çinli  göçmenler ise nüfusun %41’ini teşkil etmektedir.

Türkçenin  Karluk (Çağatay) koluna mensup olan Uygur Türkçesi, Özbek Türkçesiyle  bazı telaffuz ve yazım farkları dışında hemen hemen aynıdır.